顺治元年（1644）十二月，靖远将军英王阿济格，率兵8万，进驻神木。
顺治六年（1649）二月，农民高有才聚众起义，延绥守将王永强起兵响应，攻占神木城。
是年八月，清廷派平西王吴三桂率军围剿起义军，高有才投河殉难，起义失败。
康熙十四年（1675），绥德西川周济民、定边守将朱龙等合众造反，东进神木。神木守将孙崇雅开城响应，后被叛徒出卖，缚孙献敌。周济民死于乱军之中。
康熙三十六年（1697），帝玄烨带6军出京，经府谷于神木城郊、柏林堡及高家堡小宿西去。
同年，批准陕北沿边各县边墙外，直北禁留地50里内，蒙汉民均可耕种。
五十八年（1719），清廷令边外50里内，有沙者以30里立界，无沙者以20里立界，准汉人耕种。
雍正九年（1731），神木县属佳州。
乾隆元年（1736），令佳州管辖的神木、府谷两县，隶属榆林府。
八年（1743），议定沿边各县禁留地章程，准汉人照旧纳租耕种，立定界牌。
二十七年（1762），将佳州的高家堡、赵家石畔等村划归神木管辖。
嘉庆十六年（1814）、十九年（1817），大旱成灾，死亡无数。
道光十七年（1837），大旱成灾，死者遍野。
道光二十一年（1841），知县王致云等编纂《神木县志》，刊印成书。
同治六年（1867），回民起义军兰五等率兵400余，入县境张家新寨、关家崖窑，后进至县城东南石窑陂。神木守备王殿元、民团领队王二芝等合兵出击，大败，王等战死。
七年（1868）正月，回民起义军马治和率兵数万，攻破高家堡、解家堡、柏林堡。十九日，回民起义军进攻县城，翌日城陷。入城后大肆烧杀，建筑物毁为焦上，城乡居民死者逾万，文武官员全部被杀。
四、五月间，回军两次去而复来，参将连庆、知县贾进修及居民数百人被杀。
十二月，清廷派延绥总兵刘厚基率兵进驻神木，回军撤退。
同治八年（1869）三至五月，提督宋庆率豫军15营驻神木，回军全部退出县境。
同治九年（1870），宋庆命总兵蒋东才、刘凤清率兵与回军会战于扎萨克旗之蟒盖兔。回军大败，西去。
同治十一年（1872），宋庆西进讨伐回军。九月，回军全部被歼。
同年，逃散在外的商民大户逐渐返回县城，公私双方大兴土木，重建神木街市。现有的旧式房屋及神殿庙宇和县城中心的凯歌楼均系“回变”后重新修建。
光绪三年（1877），县境从春至秋无雨，灾情奇重，饿殍盈野。
四年（1878），疫病流行，死者甚众。
八年（1882），发生疫病，延及四乡，死者3000余人。
十一年（1885），星殒如雨。
十六、十九年（1890、1893），两次大旱成灾。
二十八年（1902），霜冻成灾。神木、府谷两县发生霍乱（虎列拉）大疫症，死者6000余人。
二十八至三十年（1902-1904），清廷派督垦大臣贻榖到县踏勘。奏准自活鸡兔沟南畔已垦之地归陕西各州县分管，并立定界牌。至此，蒙陕边界确定。
三十二年（1906），县城创立高等小学堂1处，四乡立初等小学堂10处。
宣统三年（1911），洪汉军事变（详见军事志）。
《神木县志》第6页
神木县志编纂委员会编
经济日报出版社
北京1990年
