明世祖顺治十二年(1655)三月十八日，本县发生破坏性地震。重灾户尽豁历年欠赋，余免当年地粮丁徭。
顺治十四年(1657)，户部尚书本县人王弘祚修成《赋役全书》。
顺治十六年(1659)，陕西巡抚陈及新诬告参给事中梁鋐强占本县西阳里水田124顷。经巡按石维昆核查，系挟私诞奏。陈被革职，逮京严审。
清圣祖康熙元年(1662)六月，大雨60日，清河水涨，诸谷皆溢。
康熙年间，名医陈尧道著《伤寒辨证》《痘疹辨证》二书，广为流传，为名家所瞩目。
康熙三十一年(1692)，遭大旱，二麦不登，民饥逃散，多就食邻省，后赖赈救，散者复还。
康熙三十八年(1699)，知县李瀛奏请免除本县附加商税，申明将此税分加潼关、龙驹寨水陆要津处。经农部确议，于康熙四十年免之。
康熙五十九年(1720)，陕西旱饥，钦差漕运总督施世纶提准由黄河转运豫粮入陕。额定大口每日米3合（约0.4公斤），小口每日米2合。总漕亲至本县驻贡院内，点名散给饥民。
康熙六十一年(1722)，陕甘总督年羹尧奏准督学署由西安移驻本县。
清世宗雍正五年(1727)，本县奉文以粮载入田赋内，以康熙五十年丁册为据定额，以后滋丁，永不加赋。
雍正七年(1729)，本县建社仓十处。陵前、楼底、西阳、大程、王店、陂西六镇各一，杨杜村、响刘堡、雷家等堡各一。同年建常平仓共23座，房115间，共贮仓谷4.5万石（每石约150公斤）。
清仁宗嘉庆末年（约1820），本县徐木乡杨秀沅著《农言著实》。
清宣宗道光元年(1821)，邑人李锡龄在自己所藏典籍中，选世不恒见者刻成《惜阴轩丛书》，共34种324卷。
道光二十年(1840)前后，本县始有大烟铺、烟馆，吸食者初为胥吏、兵弁，后毒及民间。
道光二十二年(1842)，大旱无禾，次年又无麦，饿殍载道。
道光二十六年(1846)，久旱无雨，本县为重灾匪。邑人李怀荫捐白银万两赈济灾民。林则徐赠以“公诒子孙”匾额。次年，本县刘荣绪同其弟刘宪之捐银3万余两，赈济本县、泾阳五百余村饥民。
道光二十九年(1849)，七月二十九日夜大雨，浊峪河涨，淹没楼底、东寨，庐舍荡析，伤男女近百人，畜数十头。
清文宗咸丰元年(1851)，邑人刘映苣、刘映连、刘映菁兄弟捐资修建同善桥（即临履旧桥）。
咸丰四年(1854)，陕西开始征收厘金，在本县及泾阳、长武、兴平四县设厘金局。
咸丰五年(1855)，三月二十三日，北原雨雹伤麦。
咸丰十年(1860)，官府设立县义学。
清穆宗同治元年(1862)，泾阳回民杨文治、华大才发动泾阳、三原回民起义。知县余庚阳募兵勇守城。义军战败东移，不久配合同州、华州回民，共同起义。五月十三日，回民起义军攻陷高陵，十九日攻取陂西镇，二十一日取大程、王店二镇，二十六日围攻南关，二十八日西关、北城相继为义军攻克。六月，本县、泾阳官绅聚集部分“刀客”与团练一起，与回民义军激战。二十四日义军再次包围泾阳县城，并占领本县北城，击毙团练头目王襄、蔡永培，歼灭、驱散两县团练数千人。
同治二年(1963)三月，冯右元率兵勇数千与回民义军战于本县十里铺，右元败走，义军乘胜取鲁桥、马额、洪水等镇。同年，钦差大臣多隆哥入陕。钦差帮办大臣雷正绾督兵进取三原、泾阳，义军伤亡惨重，余部退甘肃。经回民起义与镇压起义之战争。县旧隶500余村俱残破，仅存东里、蔡王二堡，回汉死伤近3万人。
同年十二月十三日，清廷下令将同治元、二年钱粮概行豁免。
同年十二月十六日起，大雪三日，饥民多冻死者。
清穆宗同治三年(1864)，夏秋到次年，鼠兔食田苗几尽。
同治四年(1865)，正月十三日，回民义军转攻泾阳，本县县城戒严。二月官兵来战，义军西移。
同治五年(1866)六月，陕北回民穆四领导的一支回民起义军与张俊、李双良等汉族农民反清武装联合，翌年二月到达本县、渭南一带。
七月十二日捻军过本县境南，驻县靖安营刘效忠，率兵追击，被义军伏击，死百余人。
同治六年(1867)，清廷修改厘章，规定货值每两收银二分，起止地两次共抽四分，即由千分之一提到千分之四。
同治七年(1868)，马正和率领的一支回民起义军由甘肃经三水（今旬邑）、宜君到达本县，与崔伟所部会合，驰骋于渭北各县。
同治八年(1869)，陕西巡抚刘典奏请酌减各州县平粜①，普减三成。县令余庚阳照判定之数，又减三分（施行至同治十二年）。同年，刘典在本县设招垦局，安置甘肃平凉、庆阳流入泾阳、本县的灾民。
同治十一年(1872)，陕甘总督左宗棠考查，本县城里人吸鸦片的十占其七，乡里人十占其三。于是年严令禁种罂粟，禁止外地烟土入陕，惩办了一批种植者和贩卖者。
同治十三年(1874)，左宗棠刊印散发《种棉十要》和《棉书》，设局教习种棉和纺织。本县种棉发展很快。
清德宗光绪三年(1877)，大旱，禾枯，树皮革根掘食殆尽；卖妻鬻子时有所闻，全县饿死、逃亡者3万余口。
光绪四年(1878)，焦云龙任知县，查民疾苦，得知前余庚阳所减之平粜银数，被巡抚邵某复加，因奏请准按余公旧规，每正银一两外减旧耗一钱四分。满邑颂德，立碑通衢曰“斯民不忘”，此碑现存龙桥中学。
同年，清廷下令将同治六年至光绪三年本县旧欠粮银概行豁免。
光绪六年(1880)，知县焦云龙招湖北、山东民众约万人，来本县拓垦。
光绪七年(1881)，焦云龙在鲁桥峪口山创建正谊书院，由关中理学大师贺瑞麟讲学。同时全县设义学20所。
光绪九年(1883)，知县刘清黎提倡种桑养蚕，编《农桑备要》一书，刊刻传播。
光绪十五年(1889)，山东青州基督教会派传教士邵涤元、敦崇礼、莫安仁来本县开展宗教活动。后在油坊道建教堂一座。
光绪十七年(1891)，清廷赐贺瑞麟国子监学正衔（五品），是为“关中三学正”之一。同年，基督教会在福音村创办崇真、美丽男女两个书院，后两校合并，改为崇美中学。
光绪二十一年(1895)，康有为在北京发起“公车上书”，本县胡均、陈涛等人参与。
同年，本县朱佛光与孙芷沅发起天足会，又创设励学斋，集资购买新书，以开风气。
光绪二十四年(1898)，朱佛光著书批评康有为的维新变法，提出“要解决中国的问题，必须采用革命手段”。
光绪二十八年(1902)，陕西推行新政，改宏道书院为宏道大学堂，将泾阳味经、崇实两院并入，名宏道高等学堂。宣统二年，改为宏道高等工业学堂。
光绪二十九年(1903)八月，三原邮局成立，开官民并等的邮递历史。
光绪三十一年秋(1905)，陕西选派官费留学生30余人赴日本学习，宏道高等学堂占其半数。
光绪三十二年(1906)春，井勿幕、邹子良等在本县北极宫召开同盟会会议，决定发展会员，开展活动，参加者30余人。
同年，陕甘总督升允下令在本县设立甘肃统捐大局，越境征收入甘货物统捐银两。
同年六月《关中学报》在本县北城崇贤街创刊。《白话报》《训俗报》相继在本县胡家花园创刊。
光绪三十三年(1907)，本县成立教育分会，隶属陕西教育会。
光绪三十四年(1908)，柏筱余、张立卿等在本县设立“勤公社”②，运销各种新书报和教育用品，宣传革命。
同年九月，三原宏道高等学堂学生率先罢课，声援“蒲案”③受害师生，向陕西当局提出抗议。十一月八日，李体仁被革职。
宣统元年(1909)，本县人胡文豹、胡文骥与吴宓等在本县创办综合性刊物《陕西》杂志。
宣统三年(1911)十月二十五日，三原哥老会首领陈坤山响应省城起义，率哥老会兄弟光复三原。是全省继临潼、富平光复之后的第三个县。
十月二十八日，河北民团使兼游击司令焦子静，率部进驻本县。同月，军政府任命胡景翼为秦陇复汉军第一标标统（团长）驻节本县。县商会会长侯仲厚负责劝捐军费。
同月，胡景翼创办《三原报》。
十一月五日，西安举义成功，军政府即派马队42骑来三原宏道高等工业学堂接日本教习左藤进三及随员进西安，后护送回国。
同年，英籍传教士荣居安在本县创办英华医院（今县医院前身），是为本县第一家医院。
【注释】
①平粜：官府在灾荒年缺粮时,将仓库所存粮食平价出售。
②勤公社：同盟会秘密机关。
③蒲案：蒲城知县李体仁迫害致死学生事件。